Prilogođen i adaptiran samo na nizijske male vodene ekosisteme dunavski vodenjak se suočava sa nestajanjem. Njegova labilna vodena staništa nažalost se nalaze na područjima koja su od gospadarskog interesa za čovjeka. U svrhu širenja poljoprivrednih zemljišta njegova staništa se isušuju ili pretvaraju u ribnjake.
